大家都知道，海关进口增值税专用缴款书是增值税扣税凭证抵，抵扣期限为开具之日起180日内需要认证、抵扣，逾期除经国家税务总局核准予以抵扣外，一律不得抵扣。可是，如果海关进口增值税专用缴款书丢失了，是否不能抵扣增值税进项税额了呢。本文现予以讨论，由于水平有限，若有不当之处，还请海涵，并敬请指正。
案例概况
吉祥科技有限公司（以下简称“吉祥公司”）是增值税一般纳税人，2017年4月27日取得海关进口增值税专用缴款书，票面注明价款600万元，税款66万元，2017年6月15日发现该票被采购经理遗失。问该业务如何进行税务处理？
税务分析
一、政策依据
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）。
《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）。
二、实务分析
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第二条规定，实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第三条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
根据以上规定：自2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票、海关进口增值税专用缴款书等四类增值税扣税凭证抵扣期限为180天。
三、案例解析
根据案例资料： 吉祥公司2017年4月27日取得海关进口增值税专用缴款书，票面注明价款600万元，税款66万元，2017年6月15日发现该票被采购经理遗失。可是，怎样处理，遗失的海关进口增值税专用缴款书注明税款才能进行进项税额抵扣？
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第四条第二项规定，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在本通知第二条规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
可见：自2010年1月1日起，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在180天内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。经税务机关稽核比对无误后，方可允许抵扣。
需要特别注意的是：国家税务局2017年4月20日印发的《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第十条明确规定， 自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
纳税人取得的2017年6月30日前开具的增值税扣税凭证，仍按《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）执行。
一句话总结：增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税增值税专用发票、机动车销售统一发票和海关进口增值税专用缴款书等三类增值税扣税凭证，抵扣期限延长到360天。